Des mutations dans l’hôte du virus Covid-19 se reflètent dans des variantes, selon une étude

NEW DELHI : les changements qui se produisent dans le génome du virus du SRAS-CoV-2 chez une personne infectée se reflètent au niveau de la population comme une variation, selon une étude qui, selon les chercheurs, sera « d’une énorme utilité » pour prédire la propagation et l’infectiosité de souches virales de Covid.
Le suivi des changements qui se produisent dans le virus à l’intérieur d’un hôte chez les individus et les populations pourrait fournir des pistes importantes vers les sites viraux qui sont favorables ou désavantageux pour la survie du SRAS-CoV-2 qui cause Covid-19, ont déclaré les chercheurs.
L’équipe à l’origine de la récente étude comprenait des chercheurs du National Center for Disease Control et du CSIR-Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR-IGIB) à Delhi, ainsi que de l’Institut des sciences de la vie de Bhubaneswar, de l’Académie des sciences et de l’innovation Recherche à Ghaziabad, au CSIR-Centre de biologie cellulaire et moléculaire (CSIR-CCMB) à Hyderabad et à l’Indian Institute of Technology, Jodhpur.
Réagissant aux résultats de l’étude, le virologue Upasana Ray a expliqué que l’émergence de variantes virales dépend de sa reproduction réussie chez l’hôte.
« La mutation est un phénomène très courant dans le cycle de vie de tout virus. Alors qu’un virus subit une réplication et se multiplie à l’intérieur de la cellule hôte, de petites altérations nucléotidiques se produisent », a déclaré à PTI Ray, scientifique principal au CSIR-Indian Institute of Chemical Biology de Kolkata.
« Au fur et à mesure qu’un virus se transmet de plus en plus, au sein de son hôte, il a de nombreuses chances d’accumuler de tels changements et ainsi des variantes apparaissent », a déclaré Ray, qui n’a pas participé à l’étude.
Dans l’étude non encore publiée publiée sur le référentiel de préimpression BioRxiv le 27 juillet, les chercheurs ont analysé des échantillons de patients diagnostiqués Covid-19 à deux périodes différentes de la pandémie.
Dans la phase 1 de l’étude, l’équipe a analysé 1 347 échantillons collectés au plus tard en juin 2020 en Chine, en Allemagne, en Malaisie, au Royaume-Uni, aux États-Unis et dans différentes sous-populations de l’Inde pour percevoir une carte de variation de nucléotide unique intra-hôte (iSNV) à l’échelle du génome dans le SRAS. -Populations infectées par le CoV-2.
Une variation de nucléotide unique (SNV) est une substitution d’un nucléotide – un élément de base du matériel génétique du virus.
Selon Ray, les iSNV sont les variations qui se produisent à l’intérieur de l’hôte. Elle a ajouté que ces mutations pourraient ou non se refléter en fin de compte au niveau de la population.
« Pour qu’un SNV intra-hôte survive, une telle variante devrait être capable de se multiplier et de se propager et donc de s’établir », a déclaré le scientifique.
Les chercheurs ont observé 18 146 sites iSNV couvrant le génome viral, y compris ceux qui définissent les lignées B.1 et B.6.
La variante Alpha, identifiée pour la première fois au Royaume-Uni, la variante Beta trouvée pour la première fois en Afrique du Sud et la variante Delta, signalée pour la première fois en Inde, appartiennent à cette lignée du SRAS-CoV-2.
« Il est intéressant de noter que 41% de tous les iSNV uniques identifiés dans ces échantillons ont été déclarés comme SNV au 30 septembre 2020 dans un ou plusieurs échantillons soumis dans GISAID, passant à 80% au 30 juin 2021 », les auteurs de la étude notée.
GISAID est une initiative scientifique mondiale et une source principale qui offre un accès ouvert aux données génomiques des virus de la grippe et du coronavirus responsable de la pandémie de Covid-19.
Dans la phase 2 de l’étude, les auteurs ont analysé 1 798 échantillons séquencés en Inde entre novembre 2020 et mai 2021.
Ils ont trouvé des preuves que les iSNV peuvent au fil du temps se manifester en SNV dans les populations.
« Dans ces échantillons, les iSNV pourraient être enregistrés comme étant présents dans la population dans la plupart des positions génomiques définissant la lignée Delta (B.1.617.2) et Kappa (B.1.617.1) avant leur fixation en tant que SNV d’ici février 2021. », ont déclaré les chercheurs.
« Ces résultats soulignent l’importance d’enregistrer les iSNV comme une extension des programmes de surveillance génomique pour permettre des modèles plus précis pour l’épidémiologie virale », ont-ils déclaré.
Les auteurs ont également observé des iSNV dans 87% des sites de la protéine de pointe – que le virus utilise pour pénétrer et infecter les cellules humaines – qui ont récemment été signalés comme conférant une résistance aux anticorps.
Les vaccins actuels sont dirigés contre la protéine de pointe du virus SARS-COV-2.
« Ces mutations peuvent avoir des implications majeures dans la réponse vaccinale car elles pourraient altérer l’immunogénicité », ont déclaré les auteurs.
L’immunogénicité est la capacité d’un vaccin à provoquer une réponse immunitaire dans l’organisme.
« L’étude révèle des informations importantes sur les résidus favorables ou non à la survie de ce virus et pourrait donc aider à concevoir les thérapies de prochaine génération qui ciblent ces protéines sujettes aux mutations », a ajouté Ray.

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